Ancak, SMS onayının da bazı zayıf noktaları vardır. Örneğin, telefon numaraları çalınabilir veya kötü niyetli kişiler tarafından ele geçirilebilir. Ayrıca, bazı durumlarda SMS'ler gecikebilir veya hiç gelmeyebilir, bu da kullanıcıların işlemlerini tamamlamalarını engelleyebilir. Bu nedenle, SMS onayının yanı sıra diğer güvenlik önlemlerinin de alınması önemlidir.